[科技日?qǐng)?bào)]西紅柿基因組測(cè)序終于圓滿(mǎn)完成
西紅柿是人們最常用的食物之一,2010年全球西紅柿產(chǎn)量超過(guò)1.45億噸,意大利人平均每年要吃16.5千克西紅柿,美國(guó)人吃得更多。但西紅柿基因測(cè)序也是一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的工作。植物基因組通常比動(dòng)物基因組更大和更加復(fù)雜,測(cè)序難度也更高。西紅柿有12條染色體,約3.5萬(wàn)個(gè)基因。西紅柿基因組有約900兆堿基,比人類(lèi)的四分之一稍多。
跨國(guó)研究團(tuán)隊(duì)組成的“西紅柿基因組聯(lián)盟”從2003年開(kāi)始進(jìn)行西紅柿基因測(cè)序,但一直到2008年仍進(jìn)展緩慢,研究人員轉(zhuǎn)而采用新的全基因組鳥(niǎo)槍測(cè)序法,這種方法把大的DNA片斷拆開(kāi)測(cè)序,然后再進(jìn)行組裝。研究人員對(duì)人工培育西紅柿“亨氏1760”進(jìn)行了精確測(cè)序,對(duì)它的近親野生的“醋栗西紅柿”的基因進(jìn)行了大致測(cè)序,并對(duì)比了兩者的基因序列,同時(shí)也把它們的基因同去年完成測(cè)序的土豆基因進(jìn)行了對(duì)比。
研究發(fā)現(xiàn),“亨氏1760”和“醋栗西紅柿”的基因之間只有0.6%的差別,而它們和土豆之間有8%的基因差別。研究還發(fā)現(xiàn)西紅柿進(jìn)化中經(jīng)過(guò)兩次基因組突然擴(kuò)大現(xiàn)象:一次出現(xiàn)在1.3億年前,基因變化在葡萄中留下痕跡;一次發(fā)生在6000萬(wàn)年前,這次基因變化給西紅柿的進(jìn)化帶來(lái)了顯著影響,變化產(chǎn)生的基因在西紅柿基因組中蟄伏幾千萬(wàn)年后開(kāi)始發(fā)揮作用。
《自然》雜志認(rèn)為,西紅柿基因組測(cè)序有三個(gè)重要意義。首先,它能幫助科學(xué)家了解西紅柿甚至自然界的植物之間為什么會(huì)有巨大差別。西紅柿屬于茄科植物,而茄科植物屬種廣泛,從土豆到青椒有1000多種,比較它們的基因序列有助科學(xué)家了解它們的進(jìn)化過(guò)程。第二,西紅柿基因測(cè)序可以讓科學(xué)家了解更多的植物生長(zhǎng)基本機(jī)制,比如是什么基因使西紅柿變紅,人們喜歡紅西紅柿,但自然界植物中甚至在西紅柿中紅色并不常見(jiàn)。第三,了解西紅柿基因組可以幫助科學(xué)家改進(jìn)西紅柿質(zhì)量。比如不用轉(zhuǎn)基因技術(shù)就改變西紅柿的味道、儲(chǔ)藏時(shí)間、抗病蟲(chóng)害性能等。
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