隨著科技的發(fā)展，分子生物學(xué)、基因組學(xué)等在育種中使用的越來越廣泛。近日，一個(gè)小麥基因定位與基因組研究平臺(tái)—WheatGmap構(gòu)建成功，該平臺(tái)由中國(guó)農(nóng)科院作科所小麥基因資源發(fā)掘與利用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)牽頭構(gòu)建。據(jù)介紹，這一成果為高效克隆小麥功能基因提供了一個(gè)有效的數(shù)據(jù)利用、分析和共享平臺(tái)。相關(guān)研究成果在線發(fā)表于《分子植物（Molecular Plant）》。
WheatGmap頁(yè)面。網(wǎng)絡(luò)截圖
據(jù)團(tuán)隊(duì)科學(xué)家孔秀英研究員介紹，集群分離分析作為一種在分離群體中鑒定目標(biāo)基因的方法，由于具有高效、低成本的優(yōu)點(diǎn)被廣泛應(yīng)用。然而，對(duì)于缺乏生物信息學(xué)背景的研究者來說，如何才能深度分析高通量測(cè)序獲得的數(shù)據(jù)、正確選擇最優(yōu)算法、有效利用已公布的海量數(shù)據(jù)？這成為限制當(dāng)前應(yīng)用集群分離分析方法進(jìn)行小麥基因快速定位和候選基因篩選的問題。因此，研發(fā)一個(gè)界面友好、易操作的專業(yè)性數(shù)據(jù)處理平臺(tái)，對(duì)推動(dòng)小麥研究有重要的應(yīng)用意義。
據(jù)介紹，該平臺(tái)目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，包括全基因組測(cè)序(WGS)、外顯子組測(cè)序(WES)和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)數(shù)據(jù)。為了方便用戶利用這些資源，網(wǎng)站整合了四種集群分離分析模型，還集成了序列比對(duì)、基因注釋、表達(dá)分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具?？梢詭椭蒲泄ぷ髡呃眉悍蛛x分析方法進(jìn)行小麥基因定位、克隆與功能研究，也可以共享測(cè)序數(shù)據(jù)及表型數(shù)據(jù)。
同時(shí)，隨著泛基因組時(shí)代的來臨，團(tuán)隊(duì)后續(xù)還會(huì)對(duì)平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)更新與升級(jí)，使其功能變得更強(qiáng)大。
WheatGmap頁(yè)面研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中國(guó)農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程和國(guó)家自然科學(xué)基金等支持。
